احمد جنتی، دبیر شورای نگهبان در نماز جمعه تهران به‌شدت به انتشار فایل صوتی آیت‌الله منتظری حمله کرد و گفت اگر به کسانی که چنین اقدامی کرده‌اند مجال بیشتر داده شود ریشه نظام را می‌کنند.
او در سخنان خود آیت‌الله منتظری را «شیخ ساده‌لوحی» معرفی کرد «که دل امام را خون کرد» و به‌گفته او «باید در آن دنیا جوابش را بدهد».
سایت رسمی آیت‌الله حسینعلی منتظری، مرجع تقلید درگذشته شیعه، ۱۹ مردادماه یک فایل صوتی را برای اولین بار منتشر کرد که در آن آیت‌الله منتظری درباره اعدام‌های سال ۶۷ صحبت و انتقاد می‌کند. این فایل مربوط به دیدار آیت‌الله منتظری با حسینعلی نیری (حاکم شرع)، مرتضی اشراقی (دادستان)، ابراهیم رئیسی (معاون دادستان) و مصطفی پورمحمدی (نماینده اطلاعات در اوین) در تاریخ ۲۴ مرداد ۱۳۶۷ است. از این سه نفر به‌عنوان اعضای «هیأت مرگ» در کشتار تابستان ۶۷ یاد می‌کنند.
یک روز پس از انتشار این فایل صوتی احمد منتظری، فرزند آیت‌الله منتظری به خواست وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی، آن را از سایت آیت‌الله منتظری و کانال تلگرامی خود حذف کرد اما در ارتباط با این فایل به دادگاه ویژه روحانیت احضار شد. از آن زمان او هشت بار مورد بازجویی قرار گرفت و اکنون در حال آماده کردن دفاعیات خود برای آخرین جلسه دادگاه است.
جنتی همچون دیگر مسئولان حکومت ایران موضوع اعدام‌های گسترده زندانیان سیاسی در سال ۶۷ را تنها به مجاهدین خلق مربوط و محدود کرد و با توجیه کشتار آن‌ها گفت مجاهدین هم «۱۷ هزار نفر» را در ایران کشتند.
او به «عزل» آیت‌الله منتظری توسط آیت‌الله خمینی، رهبر انقلاب ایران اشاره کرد و گفت: «صاحب این فایل صوتی را هم امام قاطعانه عزل کردند و گفتند عکس او را از دیوار پایین بکشید ولی امام به حق کار کرد چراکه این منشاء فساد بود.»
آیت‌الله منتظری در سال ۱۳۶۴ از سوی مجلس خبرگان به قائم‌مقامی رهبری جمهوری اسلامی انتخاب شد و در فروردین ۱۳۶۸ از مقام خود استعفا داد. اختلاف اصلی او با خمینی به‌ویژه بر سر کشتار زندانیان سیاسی در شهریور ۱۳۶۷ بود. منابع حکومتی می‌گویند آیت‌الله منتظری توسط خمینی از مقامش عزل شد.
جنتی با بیان این‌که «اسلام هم رأفت دارد و هم خشونت»، گفت: «بنابراین باید با افراد برخورد مناسب کرد.»
او گفت: «اگر بخواهند به این‌ها مجال بیشتری بدهند این‌ها ریشه نظام را می‌کَنَند. این‌ها باید ریشه‌کن شوند تا ریشه‌های نظام برپا شود.»
با انتشار فایل صوتی آیت‌الله منتظری، برای نخستین بار بسیاری از مقامات حکومتی ایران مجبور شدند درباره کشتار زندانیان سیاسی در سال ۶۷، اگرچه بسیار محدود، اظهارنظر کنند. این اظهارنظرها بیش از آن‌که روشنگر جزئیات ماجرا باشد یا حمله به آیت‌الله منتظری بود و یا دفاع از این کشتار.
حکومت جمهوری اسلامی ایران در تابستان سال ۶۷، چند هزار تن از مخالفان سیاسی خود را در مدت دو ماه اعدام کرد. اجساد تعدادی از این زندانیان در کانال‌های جمعی و در عمق کمی از خاک در گورستان خاوران، واقع در جنوب شرق تهران دفن شد و نشانه‌ای از آن‌ها باقی نماند.
این زندانیان سیاسی بر اساس فتوایی از آیت‌الله روح‌الله خمینی رهبر انقلاب ایران، در حالی‌که پیش از آن محاکمه شده و بسیاری از آن‌ها حکم زندان گرفته بودند، در دادگاه‌هایی چند دقیقه‌ای با حضور «هیأت مرگ» بدون هیچ‌گونه حقوق قضائی، از جمله داشتن وکیل، بار دیگر محاکمه و اعدام شدند.
