طی چهار دهه گذشته اقلیت های مذهبی همواره با محدودیت، فشار و تهدید مواجه بوده‌اند و در مواردی قربانی قتل‌های زنجیره‌ای شده‌اند؛ قتل هایی که در دهه هفتاد با برنامه‌ریزی قبلی و در راستای منافع نظام سیاسی جمهوری اسلامی صورت گرفتند.
به گزارش تارنگار حقوق بشر در ایران، قتل‌های سیاسی در جمهوری اسلامی فقط به قتل فعال سیاسی یا روشنفکران محدود نمی‌شود؛ دگراندیشان مذهبی همچون کشیش‌های مسیحی، دراویش گنابادی و رهبران اهل سنت نیز قربانیان این قتل‌ها در دهه هفتاد بودند.
مهدی دیباج یکی از کشیشان مسیحی بود که در ۱۳ تیر ۱۳۷۳ ربوده شد و پس از چند روز خبر پیدا شدن جسد قطعه قطعه شده او از سوی وزارت اطلاعات اعلام شد.
این کشیش مسیحی پیش از انقلاب در دانشکده فنی بابل به تدریس زبان انگلیسی می‌پرداخت و چندی پس از انقلاب ۵۷ از دانشگاه استفا داد.
مهدی دیباج در ۱۳۶۵ نیز بازداشت و به اتهام «ارتداد» به اعدام محکوم شد.
وی به دنبال فشارهای بین‌المللی پس از ۹ سال، در ۲۶ دیماه ۱۳۷۲ از زندان آزاد شد و قتل وی شش ماه پس از آزادی از زندان صورت گرفت.
هایک هوْسِپیان مِهر دیگر کشیش مسیحی ارمنی تبار بود که در دیماه ۷۳ و پس از لغو حکم و آزادی مهدی دیباج در راه فرودگاه مهرآباد ربوده شد و پلیس بعد از چند روز خبر از پیدا شدن جنازه او را داد.
پیکر هایک هوسپیان‌مهر در منطقه‌ای به‌نام اسلام‌آباد در شمال کرج کشف شد که اثر ۲۶ ضربه چاقو بر آن دیده می شد.
هایک هوْسِپیان مِهر پیش از قتل، برای آزادی و لغو حکم مهدی دیباج به سازمان های حقوق بشری نامه نوشته بود و خواستار اقدام بین المللی برای لغو این حکم ناعادلانه شده بود.
خانواده وی پس از قتل وی در مصاحبه با خبرگزاری فرانسه اعلام کردند که آقای هوسپیان‌مهر بعد از این‌که توجه جامعه بین‌المللی را برای آزادی مهدی دیباج برانگیخت، احساس خطر می‌کرد.
طاطاوس میکائیلیان، رئیس شورای کشیشان پروتستان، نیز در ۱۱ تیرماه ۷۷ قربانی قتل‌های زنجیره‌ای شد.
وی پس از ترک خانه در تهران ناپدید شد و جسدش در حالی که چند گلوله به سرش اصابت شده بود، پیدا شد.
قاتلان بر روی جنازه کشیش میکائیلیان بر تکه کاغذی نشانی جسد مهدی دیباج را قرار داده بودند.
محمد باقر یوسفی، ملقب به روانبخش، کشیش مسیحی در مازندران بود که در مدت حبس مهدی دیباج از فرزندان او نگهداری می‌کرد؛ این کشیش مسیحی در سال ۷۵ برای مراسم دعا از منزل خارج شد و پس از ساعاتی مأموران امنیتی اعلام کردند که جسد حلق آویز شده وی پیدا شده است.
حاج علی تابنده محبوب علیشاه، قطب دراویش نعمت اللهی سلطان علیشاهی گنابادی، در دیماه سال ۷۵ در سن ۵۱ سالگی در جریان «قتل‌های زنجیره‌ای» بر اثر ایست قلبی درگذشت.
او پیش از مرگ به دلیل گسترش تصوف و اندیشه سلسله نعمت‌اللهی گنابادی از سوی نیروهای وزارت اطلاعات تحت فشار قرار گرفته بود؛ مأموران وزارت اطلاعات از او خواسته بودند که کشور را ترک کند اما با مخالفت وی رو به شدند.
تصاویری از نامه های ارسال شده از طرف حاج علی تابنده محبوب علیشاه در خصوص احتمال حذف فیزیکی از سوی نیروهای امنیتی
سعید امامی، رئیس عملیاتی تیم قتل های زنجیره ای، پیش از مرگ حاج علی تابنده محبوب علیشاه در یک سخنرانی در همدان از سوء ظن حکومت به دراویش سخن گفته و اعلام کرده بود «دراویش یکی از گروهک های چهارگانه خطرناک برای نظام اند».
حاج علی تابنده محبوب علیشاه پیش از مرگ در طی نامه های متعدد به شیخ های سلسله گنابادی اعلام کرده بود که در صورت حذف فیزیکی از سوی مأموران امنیتی، نورعلی تابنده جانشینی او را بر عهده می گیرد.
محمد ضیائی، مؤذن و امام جمعه اقلیت سنی در بندرعباس، در ۲۲ تیرماه ۱۳۷۳ در گردنه گوچی (توابع شهرستان بندرلنگه) ربوده شد و جنازه اش در خودرو شخصی وی در یک دره یافت شد؛ قاتلان ناخن و دندان های وی را کشیده و او را با ضربات چاقو به قتل رسانده بودند
محمد ضیائی پیش از مرگ از جمله افراد مورد اطمینان مردم ساکن بندرعباس و روستاهای اطراف شده بود و مردم از او با عنوان «رهبر اهل سنت» یاد می‌کردند.
ماموستا محمد ربیعی، از رهبران اهل سنت کرمانشاه نیز در آذر ۱۳۷۵، چند ماه پس از سخنرانی در کنفرانسی با عنوان «وحدت اسلامی» در تهران و انتقاد از سریال امام علی به دلیل «تفرقه‌افکنی»، کشته شد.
عایشه مفاخری، همسر ماموستا ربیعی پس از قتل او اعلام کرد که همسرش از سوی وزارت اطلاعات تحت فشار بود و بارها بازجویی شده بود.
قتل ماموستا ربیعی، اعتراضات مردمی را در کرمانشاه به دنبال داشت.
ماموستا فاروق فرساد، احمد صیاد، عبدالعزیز مجد استاد دانشگاه زاهدان، و مولوی عبدالملک ملازاده و مولوی جمشیدزهی از جمله فعالان اهل سنت بودند که در جریان قتل های زنجیره ای از سوی مأموران جمهوری اسلامی در پاکستان به قتل رسیدند.
آنچه به دوران «قتل‌های زنجیره‌ای» معروف شده، تنها مقطع کوتاهی از دوران قتل و کشتار جمهوری اسلامی است و از این نظر اهمیت دارد که با افشاگری رسانه‌ها و وکلا و خانواده ها، سکوت در این باره شکسته شد.
با وجود گزارش‌های مختلف حقوق بشری درباره نقش حکومت در این قتل‌ها، جمهوری اسلامی همچنان از پاسخگویی در این زمینه همچنان خودداری می‌کند.
شایان ذکر است که رسیدگی قضایی به این قتل‌ها بر اساس موازین و قوانین بین المللی صورت نگرفت و بستر فکری و سازمانی قتل‌ها هم هرگز بررسی نشد.
دی ماه ۱۳۷۹ عوامل اجرایی قتل ها در شعبه یک دادسرای نظامی تهران مورد محاکمه قرار گرفتند، اما کسانی که عوامل اجرایی از آنها به عنوان دستور دهنده و آمران قتل ها نام برده بودند، هرگز به صورت رسمی متهم نشدند و تحت پیگرد قرار نگرفتند.
افرادی همچون قربانعلی دری نجف آبادی، غلامحسین محسنی اژه‌ای، علی فلاحیان و مصطفی پورمحمدی، بعد از گذشت ۲۰ سال از ذکر نامشان در پرونده قتل های زنجیره ای، همچنان در پست ها و منصب های سیاسی رده اول حکومتی حضور دارند.
