یک منبع آگاه از پرونده محمد علی طاهری گفت پرونده اتهام افساد فی الارض ایشان هنوز به دیوان عالی کشور نرفته است. این منبع گفت: «بازجوی آقای طاهری در بازجویی ها به ایشان گفته که پرونده فساد فی الارض نقص هایش برطرف شده و به دادگاه ارسال شده است. اما هنوز این خبر توسط وکلای آقای طاهری تایید نشده و قطعا هنوز پرونده به دیوان عالی کشور ارجاع نشده است.»
به گزارش تارنگار حقوق بشر در ایران به نقل از کمپین بین المللی، خواهر محمد علی طاهری، موسس «عرفان حلقه» در گفتگویی در تاریخ ۱۷ اردبیهشت ماه ۱۳۹۵ گفته بود که پرونده برادرش به دیوان عالی کشور منتقل شده است. ایشان گفت این اشتباهی است که او از حرف های بازجو به برادرش استنباط کرده است و پرونده فساد فی الارض ایشان هنوز در دادسرا باقی مانده است. آذر دخت طاهری گفت: «ولی این چیزی نیست که از نگرانی ما کم کند. ما اساسا اتهام فساد فی الارض ایشان را از بیخ و بن غلط می دانیم و انتظارمان این بود که دیگر مطرح نشود. اینکه این پرونده نواقصش رفع شده و دوباره به دادگاه ارسال شده برای ما بسیار نگران کننده و عجیب است.»
سعید خلیلی، یکی از وکلای آقای طاهری روز ۲۹ آذر ماه ۱۳۹۴ در گفتگویی با خبرگزاری دانشجویی ایسنا، از نقص حکم اعدام موکلش در شعبه ۳۳ دیوان عالی کشور نقض و ارسال آن به شعبه ۲۶ دادگاه انقلاب برای رسیدگی مجدد خبر داد.
تمدید بازداشت موقت محمد علی طاهری به مدت دو ماه دیگر در تاریخ ۱۳ اردبیهشت ماه از سوی شعبه ۱۵ دادگاه انقلاب به ریاست قاضی صلواتی به محمود علیزاده طباطبایی، یکی از وکلایش ابلاغ شد. وکلا به تمدید بازداشت موقت او اعتراض کرده و خواستار آزادی او شده اند. خواهر محمد علی طاهری گفته بود: «نگه داشتن او به این شکل غیرقانونی است و نقض فاحش حقوق بشر است. وکلای او به عدم آزادی او و تمدید بازداشت های موقت او اعتراض کرده اند. اکنون باید منتظر پاسخ اعتراض وکلایش از سوی شعبه ۱۵ دادگاه انقلاب باشیم. آقای طاهری حکم پنج سال حبسش روز ۱۸ بهمن ماه سال گذشته تمام شد، جریمه نقدی ۹۰۰ میلیون تومانی او هم پرداخت شده بود، حکم اعدامش هم توسط دیوان عالی کشور نقض شده بود پس باید آزاد می شد اما به جای اینکه آزاد شود بازداشت موقت او مرتب تمدید می شود.»
محمد علی طاهری در حال حاضر علاوه بر اتهام فساد فی الارض با اتهام دیگر «عضویت در سازمان چریک های فدایی خلق» مواجه است. آذر دخت طاهری گفته بود در تاریخ ۲۴ فروردین ماه از برادرش بازجویی دیگری صورت گرفته و گفته شده در ارتباط با این اتهام جدید دو شاکی خصوصی دارد.
محمد علی طاهری، موسس «عرفان حلقه» که در تاریخ ۱۴ اردبیهشت ماه ۱۳۹۰ بازداشت شد به اتهام های توهین به مقدسات، اتهام فعل حرام و رابطه نامشروع و به دلیل «تماس با مچ دست زن نامحرم در زمان عمل فرادرمانی» و به اتهام دخالت در امر پزشکی، تحصیل مال نامشروع و توزیع آثار سمعی– بصری و استفاده غیر مجاز از عناوین علمی پزشکی جمعا به ۵ سال حبس، ۷۴ ضربه شلاق و ۹۰۰ میلیون تومان جریمه نقدی محکوم شد.
آقای طاهری در تابستان ۱۳۹۳ مجددا به اتهام مفسد فی الارض که قبلا در پرونده اش بررسی شده بود، بازجویی شد. دادگاه او برای این اتهام در اسفند ماه ۱۳۹۳ برگزار شد و در نهایت در خرداد ماه ۱۳۹۴ به این اتهام از طریق منحرف کردن افراد به اعدام محکوم شد. وکلای او به این حکم اعتراض کردند.