خلیج گرگان به دلیل پسروی آب دریای خزر در آستانه خشکی قرار گرفته. فاضلاب شهرها و روستاها باقی‌مانده آب این تالاب حفاظت شده را آلوده کرده است. دولت برای بازسازی خلیج گرگان پنج میلیارد تومان بودجه تعیین کرده، اما حفاظت محیط زیست مازنداران می‌گوید این بودجه پرداخت نشده است.
به گزارش تارنگار حقوق بشر در ایران به نقل از ایلنا، اسماعیل مهاجر، مدیر کل حفاظت محیط زیست استان مازندران گفته است: «هیچ‌کس به دنبال بهبود وضعیت خلیج گرگان نیست. بودجه‌ای نداده‌اند و در مجموع می‌توانیم بگوییم که خلیج گرگان رها و فراموش شده. ورودی آب بسیار کمی دارد و ورود فاضلاب شهرها و روستا چه به صورت زه‌کش و چه مستقیم به آن، خلیج را به تلی از آلودگی تبدیل کرده است.»
خلیج گرگان، خلیج کم‌عمق و بزرگی است که در منتهی‌الیه جنوب شرقی کرانه دریای خزر واقع شده، از دریای خزر جدا شده و شبه‌جزیره میانکاله را با طول نزدیک به ۶۰ کیلومتر و مساحت۱۰۰ هزار هکتار تشکیل می‌دهد.
در سال ۱۳۴۸ خلیج گرگان به عنوان منطقه حفاظت شده تحت مدیریت سازمان محیط زیست درآمد.
در سال ۱۳۵۴ به دلیل جذب گونه‌های نادر و رو به انقراض و پرندگان آبزی مهاجر و همچنین محل تخم‌ریزی آبزیان دریای خزر به ویژه کپور ماهیان و جاذبه‌های طبیعی خاص به پناهگاه حیات‌وحش ارتقا پیدا کرد.
