روز دوشنبه ۳ شهریور ماه ۱۳۹۹، حسین هاشمی، از بازداشت شدگان اعتراضات سراسری آبان ماه ۱۳۹۸، از سوی شعبه ۱ اجرای احکام کیفری دادسرای امنیت تهران به ریاست محمدمهدی براعه برای اجرای حکم حبس فراخوانده شد.
به گزارش تارنگار حقوق بشر در ایران، حسین هاشمی در تاریخ ۲۵ آبان ماه ۱۳۹۸، توسط نیروهای امنیتی در تهران بازداشت و به بازداشتگاه وزارت اطلاعات در بند ۲۰۹ زندان اوین منتقل شد. او اواخر اسفند ماه ۱۳۹۸، با پایان مراحل بازجویی و با تودیع قرار وثیقه به‌صورت موقت و تا پایان مراحل دادرسی از زندان آزاد شد.
حسین هاشمی توسط شعبه ۲۶ دادگاه انقلاب تهران به ریاست ایمان افشاری محاکمه و از بابت اتهامات «توهین به مقدسات» و «اخلال در نظم عمومی» در مجموع به ۶ سال حبس تعزیری و ۷۴ ضربه شلاق محکوم شد. او همچنین به عنوان مجازات تکمیلی به رونویسی از کتابهای «۵۳ سال عصر پهلوی»، «گناه شناسی نوشته محسن قرائتی» و «سه دقیقه در قیامت» و نیز به مدت ۱ ماه هر روز ۴ ساعت کار در غسالخانه و شست شوی میت محکوم شد. این حکم در تاریخ ۱۹خرداد ماه ۱۳۹۹, شعبه ۳۶ دادگاه تجدیدنظر استان تهران به ریاست احمد زرگر عینا تائید شد.
گفتنی است حسین هاشمی پیش از بازداشت تحت عمل جراحی دیسک کمر قرار گرفته و با مشکلات حرکتی روبروست.
